Kolik denně vyšetříte vzorků v prostějovské laboratoři a kolik jste jich doposud vyšetřili na SARS-CoV-2 celkem?

Doposud jsme vyšetřili na našem pracovišti cca 50 tisíc vzorků na SARS-CoV-2 a aktuálně během jednoho dne průměrně vyšetříme kolem 500 vzorků.

Jaká je maximální denní kapacita laboratoře pro toto vyšetření?

Původně je naše laboratoř nastavena cca na 250 až 300 vyšetření, nicméně s maximálním personálním nasazením a při využití kompletního technického vybavení jsme se výjimečně dostali až na hranici 700 vyšetření.

Koronavirus za rok zmutoval do desítek odlišných variací. Kolik kmenů (mutací) jste za tu dobu zachytili v Prostějově?

Neprokazujeme mutace. Pracujeme s komerčními diagnostickými soupravami, které detekují určité cíle v genomu viru, na základě nichž jsme schopni říci, zda virus byl či nebyl ze vzorku detekován, nebo případně zda se nejedná o nejasný výsledek.

Čím je zvláštní britská mutace?

V poslední době budí obavy hlavně takzvaná britská mutace: v kolika případech jste ji zaznamenali?

Vzorky s podezřením na britskou mutaci od letošního roku posíláme k sekvenaci do Národní referenční laboratoře v Praze. Doposud byly dva.

Čím se z pohledu laboratorního experta liší tato varianta od „normálního“ viru? Lze to jednoduše popsat?

Jednoduše to popsat nelze. Mutace virů jsou přirozené a probíhají s určitou frekvencí stále, jde v podstatě o změnu v genetické informaci, která kóduje konkrétní protein. V případě britské mutace to je v jednom ze šesti klíčových kontaktních míst domény spike (S) proteinu, která se váže na receptor ACE2 a odpovídá za zvýšenou vazebnou afinitu na endotelové buňky. Změny v aminokyselinách mohou být také odpovědny za únik před imunitní ochranou či mohou být odpovědny za rychlejší vstup do lidské buňky.

Vaše moderní laboratoř to umí odhalit. Proč se vzorky posílají do Národní referenční laboratoře SZÚ a musí se čekat…

Nejsme výzkumný ústav, neprovádíme sekvenace, standardně to neumíme odhalit. Naší prací je skutečně rutinní laboratorní diagnostika komerčními testy.

V souvislosti s šířením závažných mutací začaly už komerční firmy nabízet nové diagnostické soupravy, které takové mutace dokážou snadněji odhalit. Avšak vyzkoušení a zavedení takové nové diagnostické metody není jednoduchá záležitost, je to proces náročný na čas i na finance.

Zkoušeli jste je?

V letošním roce jsme již vyzkoušeli 4 nové soupravy, ale žádná z nich nesplňuje na 100 procent naše požadavky. V procesu testování musíme zohlednit způsob odběru (odběrovou soupravu), příjem vzorku, izolaci nukleové kyseliny nebo jinou přípravu vzorku pro detekci cílové sekvence. A také musíme využít naše stávající technické vybavení.

Jaké jsou indikace k tomuto dalšímu vyšetření v NRL? Věk, průběh onemocnění…?

V lednu jsme obdrželi doporučení Národní referenční laboratoře, abychom v některých, konkrétních laboratorních a klinických případech takové vzorky poslali k sekvenování. Je to klasický postup.

Surveillance není nikdy na škodu

Bylo by podle vás vzhledem k vyšší nakažlivosti některých mutací koronaviru žádoucí systematicky v ČR sledovat jejich přítomnost v populaci?

Surveillance není nikdy na škodu. Takové informace pak slouží k orientaci v současné situaci, která je od podzimu tristní. Hlavně je důležité, aby takové informace kompetentní osoby viděly a věděly, jak s nimi naložit.

Obavy budí tzv. jihoafrická mutace, kvůli tomu, že by nemuselo být v potřebné míře účinné očkování, je podle vás i tato mutace v ČR?

Toto nedokážu zodpovědět, to je dotaz na jiné autority.

Je otázkou času, kdy se zde laboratorně zachytí?

Opět se musí cíleně detekovat, stejně jako ta britská mutace.