Následoval sestup do divize, rok nato do krajského přeboru a v roce 2007, už pod názvem 1. SK Prostějov, zánik mužského oddílu.

Ten byl obnoven až v roce 2010. 

V neděli 12. srpna 2012 se klub s více než stoletou tradicí na ligový trávník vrátí. Čeká jej 1. kolo MSFL proti záložnímu týmu Slovácka.

„Už se na to moc těším. Doufám, že to z naší strany bude vydařený vstup do sezony," řekl generální sportovní manažer klubu František Jura, který v roli trenéra zažije na třetiligové lavičce svoji premiéru.

Z prostějovské ekipy bude jedním z mála, kádr 1. SK je nabitý hráči, kteří by zkušenosti mohli rozdávat. Jen jména ale zápasy nerozhodují, na hřišti v Kunovicích bude tým z Hané čelit mladému a dozajista velmi běhavému soupeři.

Navíc se na něj nedá dost dobře připravit.

„Známe jejich výsledky z přípravy, ale je těžké předpovídat, kdo proti nám skutečně nastoupí. Vzhledem k zavedení Ligy juniorů má Slovácko juniorku a béčko dohromady a rozdělují se jen na zápasy, hráči se tam pořád točí. Přesto si myslím, že by to mohl být podobný soupeř, jako byla Kroměříž," připomněl Jura poslední přípravný duel svých svěřenců, ve kterém deklasovali mladíky Hanácké Slavie 6:0.

„Naše zkušenosti by měly platit i na béčko Slovácka."

„Čeká nás pořádně ostrý start. Vždyť hráči Prostějova mají víc ligových startů než naši kluci z áčka dohromady," směje se trenér Slovácka B Jan Palinek, jenž byl soupeře v přípravě omrknout a viděl, že síla mužstva není jen ve zvučných jménech.

„Mají obrovsky zkušené mužstvo, vedle toho jsou tam ale i rychlí běhaví hráči. Prostějov je sice nováček soutěže, ale patřil by spíš do druhé ligy," uznale pokyvuje hlavou Palinek.

Výhodou pro fotbalisty 1. SK může být večerní zápas prvoligového áčka 1. FC Slovácko se Spartou. Záložní tým se kvůli tomu nemůže posílit.

„Tohle by měla být výhoda. Zkušení fotbalisté do mužstva mohou přinést klid. Někdy je to ale naopak kontraproduktivní. U béček nikdy nevíte," přemítal Jura.

On sám ještě o sestavě úplně jasno nemá. Stále řeší dva poslední otazníky.

„Zřejmě se rozhodnu asi až těsně před zápasem. Všichni samozřejmě chtějí hrát a je to skutečně těžké," připouští kouč.

„Já bych to ale s tou základní sestavou tak nepřeceňoval. Každý 
z hráčů, kteří jsou v kádru, může kdykoli nastoupit. V tomto jsou naprosto rovnocenní a já se bude snažit dát v průběhu sezony příležitost všem," podotkl Jura.

Pikatní příchuť bude mít utkání především pro Lukáše Zelenku, který právě v rezervním týmu Slovácka zakončil v lednu 2011 své působení v tomto klubu. Poté okusil svou zatím poslední prvoligovou štaci v maďarském Honvédu Budapešť a v zimní přestávce minulého ročníku překvapivě zamířil právě do Prostějova, toho času divizního.

V dresu Slovácka sbírala své první starty v nejvyšší české soutěži i nejnovější posila 1. SK Petr Pavlík. Na jaře 2009 hájil jeho barvy i Tomáš Kazár, druhá ze čtyř letních akvizic Prostějova.

Utkání 1. kola MSFL odstartujte v Kunovicích v neděli v 10.15.

O SOUPEŘI – 1. FC SLOVÁCKO B

Fotbalový oddíl 1. FC Slovácko vznikl v roce 2000 jako 1. FC Synot sloučením dvou odvěkých slováckých rivalů ze Starého Města a Uherského Hradiště. To nastalo poté, co Synot Staré Město postoupilo do první ligy. Tu už klub zahájil na stadionu 
v Uherském Hradišti.

V roce 2003 otevřel nový fotbalový stadion (Městský fotbalový stadion Miroslava Valenty) v Uherském Hradišti, který nahradil zastaralý areál Širůch ve Starém Městě.

B tým, proti kterému nastoupí Prostějov, však své zápasy hraje v areálu Na Bělince v Kunovicích. Tam velký fotbal skončil v roce 2007, kdy se mužský tým odhlásil z krajského přeboru. Před minulou sezonou byl podobně jako v Prostějově obnoven a v současnosti hraje nejnižší soutěž OFS Uherské Hradiště.

Trenérem rezervy i přidruženého juniorského týmu Slovácka je bývalý vynikající fotbalista a odchovanec Přerova Jan Palinek. Juniorský tým už má sebou první dvě kola, v prvním remizoval s Plzní 2:2, ve druhém se Sigmou Olomouc 1:1.